„be pilietybės“po Ivano Rūsčiojo mirties, su sergančiu ir silpnu Fiodoru, bojarai pradėjo atvirą kovą dėl valdžios. Stipriausias iš jų buvo buvęs oprichnikas Godunovas. Po Teodoro mirties patriarchas Jobas subūrė Zemsky Sobor, kad išrinktų naują suvereną. Į šią katedrą susirinko Patriarcho taryba, Bojaro Dūma ir Maskvos aptarnaujantys žmonės bei komercinės ir pramonės gyventojų atstovai. Labiausiai tikėtini kandidatai buvo du žmonės: caro svainis Borisas Fiodorovičius Godunovas ir caro Fiodoro pusbrolis, vyriausias Nikitos Romanovičiaus sūnus – Fiodoras Nikitichas Romanovas.
Boriso Godunovo valdymo metai atėjo sunkiu Rusijos valstybės istorijos laikotarpiu. Tai buvo laikotarpis nuo 1598 iki 1605 m. Tiesą sakant, būsimas caras valdė jau sergantį Ivano Rūsčiojo sūnų Fiodorą.
Boriso Godunovo valdymo laikotarpis prasidėjo dviprasmiškai. 1598 m. vasarį Taryba pasiūlė sostą Borisui, bet jis atsisakė. Kad jis sutiktų, buvo surengta religinė procesija į Mergelių vienuolyną, kur Borisas buvo apsistojęs pas seserį. Būsimasis karalius buvo priverstas sutikti žengti į sostą. Taigi Godunovo rinkimai buvo populiarūs. Tačiau tuo pačiubuvo manoma, kad jis slapta griebėsi grasinimų ir kyšininkavimo, kad tai pasiektų.
Borisas buvo vedęs karalystę tik rugsėjo 1 d., įsitikinęs žmonių rinkimų stiprumu. Boriso Godunovo valdymas per visą jo trukmę išsiskyrė ypatingu atsargumu. Jis bijojo pasikėsinimų į savo valdžią, pašalino visus jam įtartinus bojarus. Tikrasis jo varžovas buvo tik Fiodoras Nikitichas Romanovas, dėl kurio visi Romanovai buvo teisiami dėl k altinimų sąmokslu prieš suvereną. Bojarai nemėgo caro, laikydami jį Siaubo įpėdiniu su jo bajorų persekiojimu.
Boriso Godunovo valdymas buvo Fiodoro politikos tęsinys, tiksliau, tai, ką Godunovas darė jam vadovaujant. Jis visomis priemonėmis siekė atkurti žmonių gerovę, pažeistą Grozno eroje. Užsienio politikoje jis siekė išvengti susidūrimų, susilaikyti nuo naujų karų. Jam rūpėjo teisingumo stiprinimas, jis norėjo būti geras žmonių suverenas. Jis tikrai davė daug naudos paprastiems žmonėms. Trejus metus iš eilės, nuo 1601 m., buvo nesėkmingas derlius, dėl kurio miršta nuo bado. Borisas organizavo nemokamą duonos dalinimą alkanams iš karališkojo iždo, sostinėje pastatė didelius pastatus, kad žmonės gautų pajamų.
Boriso Godunovo valdymą lydėjo badas, plėšimai, bet tai nebuvo jo k altė. Tačiau tai prisidėjo prie nepasitenkinimo karaliumi augimo. Po bado sekė antroji nelaimė – liaudies sukilimas apsišaukėliui carui Dmitrijui. Šios kovos metu BorisasGodunovas netikėtai mirė (1605 m.).
Godunovas suteikė didelę reikšmę Europos švietimui. Karalius bendravo su užsienio technologijų ir medicinos srities specialistais, noriai priėmė juos į valstybės tarnybą. Išsiuntė jaunimą į svečias šalis, planavo svetimu būdu sutvarkyti Maskvos mokyklas. Jis suformavo vokiečių karinį būrį pagal užsienio modelį. Valdant Godunovui, Maskvos vyriausybę aiškiai traukė glaudesni ryšiai su šviesuoliais Vakarais ir europinių žinių įsisavinimas.
Taigi Boriso Godunovo valdymą trumpai apibūdina dauguma istorikų. Daugelis abejoja, kaip teisėtai jis gavo valdžią, nes mano, kad jo rankų darbas buvo jauniausio Siaubo sūnaus Carevičiaus Dmitrijaus nužudymas Ugliche.
