Per pirmuosius kelerius savo gyvavimo metus valstybė siekė būti pripažinta vienintele Jugoslavijos įpėdine, tačiau kitos buvusios sovietinės respublikos priešinosi šiems reikalavimams. Jungtinės Tautos atmetė prašymą įtraukti Jugoslaviją. Galiausiai, 2000 m. nušalinus Slobodaną Miloševičius iš federacijos prezidento pareigų, šalis atsisakė šių siekių ir priėmė Badinter arbitražo komiteto nuomonę dėl bendro paveldėjimo. Spalio 27 d. jis vėl pateikė prašymą dėl narystės JT ir buvo priimtas 2000 m. lapkričio 1 d.
Rankinis
JFR iš pradžių valdė Slobodanas Miloševičius, būdamas Serbijos prezidentu (1989–1997), o vėliau – Jugoslavijos prezidentu (1997–2000). Miloševičius paskyrė ir privertė nušalinti kelis federalinius prezidentus (tokius kaip Dobrica Cosic) ir ministrus pirmininkus (pvz., Milano Panic). Tačiau Juodkalnijos vyriausybė, kuri iš pradžių karštai palaikė Miloševičių, pradėjo palaipsniuiatsiriboja nuo jo politikos. Tai paskatino režimo pasikeitimą 1996 m., kai buvęs jo sąjungininkas Milo Đukanovičius pakeitė savo politiką, tapo Juodkalnijos valdančiosios partijos lyderiu, o vėliau atleido buvusį Juodkalnijos lyderį Momirą Bulatovičių, kuris liko ištikimas Miloševičiaus vyriausybei. Kadangi nuo to laiko Bulatovičius buvo paskirtas į centrinius postus Belgrade (kaip federalinis ministras pirmininkas), Đukanovičius toliau valdė Juodkalniją ir toliau izoliavo ją nuo Serbijos. Taigi nuo 1996 iki 2006 m Juodkalnija ir Serbija nominaliai buvo viena šalis. Visų įmanomų politinių, ekonominių ir socialinių segmentų valdymas buvo vykdomas vietos lygmeniu, Belgrade Serbijai ir Podgoricoje Juodkalnijai.
Serbijos ir Juodkalnijos sąjunga
Kaip laisva sąjunga arba konfederacija, Serbija ir Juodkalnija buvo susivienijusios tik tam tikrose srityse, pavyzdžiui, gynyboje. Abi valstybės per visą Federacinės Respublikos gyvavimo laikotarpį veikė atskirai ir toliau veikė pagal atskirą ekonominę politiką, taip pat naudojo atskiras valiutas (euras buvo vienintelė teisėta mokėjimo priemonė Juodkalnijoje). 2006 m. gegužės 21 d. įvyko referendumas dėl Juodkalnijos nepriklausomybės ir už nepriklausomybę balsavo 55,5% rinkėjų. Paskutiniai buvusios Jugoslavijos likučiai, praėjus 88 metams nuo jos sukūrimo, baigėsi oficialiai paskelbus Juodkalnijos nepriklausomybę 2006 m. birželio 3 d. ir oficialiai paskelbus Serbijos nepriklausomybę 5birželio mėn. Po iširimo Serbija tapo teisine sąjungos įpėdine, o nepriklausomybę atkūrusi Juodkalnija vėl kreipėsi dėl narystės tarptautinėse organizacijose.
Nelaimės pasekmės
Po Jugoslavijos žlugimo 1990 m. tik Serbijos ir Juodkalnijos respublikos sutiko išlaikyti Jugoslavijos valstybę ir 1992 m. priėmė naują naujosios Jugoslavijos konstituciją. Po komunizmo žlugimo Rytų Europoje naujoji valstybė sekė demokratinių pokyčių bangą. Jame buvo atsisakyta komunistinių simbolių: iš valstybės vėliavos buvo pašalinta raudona žvaigždė, o komunistinis herbas pakeistas b altas dvigalvis erelis su Serbijos ir Juodkalnijos herbais viduje. Naujoji valstybė taip pat sukūrė vieno asmens prezidento pareigas, kurios iš pradžių buvo skiriamos Serbijos ir Juodkalnijos respublikų sutikimu iki 1997 m., po to prezidentas buvo demokratiškai išrinktas.
Jugoslavijos Federacinės Respublikos sukūrimas
1991–1992 m. žlugus Jugoslavijai ir jos institucijoms, iškilo dviejų bylančioje federacijoje likusių respublikų – Serbijos, Juodkalnijos – vienybės klausimas; taip pat serbų daugumos teritorijos Kroatijoje ir Bosnijoje, kurios norėjo išlikti vieningos. 1991 m. po diplomatinių derybų, kurioms vadovavo lordas Carringtonas su šešiais lyderiais, visos respublikos, išskyrus Serbiją, sutiko, kad Jugoslavija subyrėjo ir kiekviena jos autonominė dalis turi tapti nepriklausoma valstybe. Serbijos vyriausybę nustebino ir pasipiktino Juodkalnijos sprendimas, palankus pabaigaiJugoslavija, nes Bulatovičiaus vyriausybė anksčiau buvo glaudžiai susijusi su Miloševičiaus vyriausybe Serbijoje. Jugoslavijos žlugimas prasidėjo 1991 m., kai Slovėnija, Kroatija ir Makedonija paskelbė nepriklausomybę. Tada susikūrė Jugoslavijos Federacinė Respublika.
Trečioji Jugoslavija
1991 m. gruodžio 26 d. Serbija, Juodkalnija ir serbų sukilėlių teritorijos Kroatijoje susitarė suformuoti naują „trečiąją Jugoslaviją“. 1991 m. taip pat buvo stengiamasi į federaciją įtraukti socialistinę-revoliucinę Bosniją ir Hercegoviną, kurioje vyksta derybos tarp Miloševičiaus, Bosnijos serbų demokratų partijos ir Bosnijos susivienijimo šalininko, Bosnijos viceprezidento Adilo Zulfikarpasičiaus. Zulfikarpašičius manė, kad Bosnijai būtų naudinga susivienyti su Serbija ir Juodkalnija, todėl jis palaikė aljansą, kuris užtikrintų serbų ir bosnių vienybę. Jugoslavijos Federacinės Respublikos vėliava niekuo nesiskyrė nuo savo pirmtakės šalies.
Miloševičius tęsė derybas su Zulfikarpasic dėl Bosnijos įtraukimo į naująją Jugoslaviją. Tačiau pastangos įtraukti visą Bosniją į naująją Jugoslaviją iš esmės nutrūko 1991 m. pabaigoje, kai Izetbegovičius planavo surengti nepriklausomybės referendumą, o Bosnijos serbai ir Bosnijos kroatai suformavo autonomines teritorijas.
Brolių tautų ginčas
Nuo 1996 m. pirmieji vieši politinės nesantaikos požymiai tarpJuodkalnijos ir Serbijos vadovybės dalis. Iki 1998 m., kai Juodkalnijos ministras pirmininkas Milo Đukanovičius išryškėjo kovoje dėl valdžios su Juodkalnijos prezidentu Momiru Bulatovičiumi, respublika vykdė kitokią ekonominę politiką – savo valiuta priėmė Vokietijos markę. 1999 m. rudenį, po Kosovo karo ir NATO bombardavimo kampanijos, Đukanovičius (šiuo metu tvirtai laikęs valdžią Juodkalnijoje, nes Bulatovičius buvo visiškai nuverstas) parengė dokumento projektą Platforma za redefiniciju odnosa Crne Gorei Srbije ("Federalinė platforma"). Jugoslavijos Respublika“), raginanti iš esmės pakeisti administracinių pareigų pasidalijimą Jugoslavijos FR, nors ji vis dar oficialiai laiko Juodkalniją bendra valstybe su Serbija. Miloševičius neatsakė į platformą, manydamas, kad ji prieštarauja Konstitucijai.
Kylanti įtampa
Politiniai santykiai federalinėje žemėje tapo vis labiau įtempti, ypač abiejų respublikų aukščiausių politinių, kriminalinių ir valstybės verslo veikėjų (Zeljko "Arkan" Rozhnatovic, Pavle Bulatovic, Chika Petrovic ir Goran) žmogžudysčių bangos fone. Žugičius), taip pat du pasikėsinimai į opozicijos politiko Vuko Draškovičiaus gyvybę. Iki 2000 metų spalio Miloševičius prarado valdžią Serbijoje. Priešingai nei tikėtasi, Đukanovićano reakcija į valdžios pasikeitimą Belgrade buvo ne toliau stumti savo „Platformoje“išdėstytą darbotvarkę, o staiga pradėti siekti visiškos nepriklausomybės.proceso metu jį visiškai išmeskite. Vėlesnės Juodkalnijos vyriausybės laikėsi nepriklausomybės politikos, o politinė įtampa su Serbija tvyrojo nepaisant politinių pokyčių Belgrade. Visos šios aistros buvo natūralus Jugoslavijos Federacinės Respublikos sukūrimo istorijos rezultatas.
Konfederacijos įkūrimas
2002 m. Serbija ir Juodkalnija sudarė naują susitarimą tęsti bendradarbiavimą, kuris, be kitų pakeitimų, pažadėjo Jugoslavijos pabaigą. Abi šalys anksčiau buvo Jugoslavijos Federacinės Respublikos dalis. 2003 m. vasario 4 d. Jugoslavijos federalinė asamblėja sukūrė laisvų valstybių sąjungą arba konfederaciją – Serbijos ir Juodkalnijos valstybių sąjungą. Buvo pasiektas susitarimas dėl naujos konstitucinės chartijos, kuri sudarytų šalies valdymo pagrindą.
Juodkalnijos nepriklausomybė
Sekmadienį, 2006 m. gegužės 21 d., juodkalniečiai balsavo per nepriklausomybės referendumą. Nepriklausomybei pritarė 55,5 proc. Toks „už“balsų skaičius buvo būtinas Jugoslavijos iširimui. Dalyvavo 86,3 %, o 99,73 % iš daugiau nei 477 000 balsų buvo teisėti.
Vėliau Juodkalnijos (2006 m. birželio mėn.) ir Serbijos (birželio 5 d.) paskelbta nepriklausomybė nutraukė Jugoslavijos konfederaciją, taigi ir paskutinius likusius Federacinės Respublikos likučius.
Jugoslavijos Federacinės Respublikos ekonominis vystymasis
Dėl ūkio žlugimo ir neefektyvaus ūkio valdymo valstybė smarkiai nukentėjo ekonomiškai, otaip pat pratęstas ekonominių sankcijų laikotarpis. Dešimtojo dešimtmečio pradžioje JFR kentėjo nuo Jugoslavijos dinaro hiperinfliacijos. Dešimtojo dešimtmečio viduryje JFR įveikė infliaciją. Dėl tolimesnės Kosovo karo padarytos žalos Jugoslavijos infrastruktūrai ir pramonei ekonomika liko tik perpus mažesnė nei 1990 m. 2000 m. spalį nuvertus buvusį federalinį Jugoslavijos prezidentą Slobodaną Miloševičius, Serbijos demokratinės opozicijos (DOS) koalicinė vyriausybė įgyvendino stabilizavimo priemones ir ėmėsi agresyvios rinkos reformos darbotvarkės. 2000 m. gruodžio mėn. atnaujinusi narystę Tarptautiniame valiutos fonde, Jugoslavija ir toliau reintegravosi su likusiu pasauliu prisijungdama prie Pasaulio banko ir Europos rekonstrukcijos ir plėtros banko.
Mažesnė Juodkalnijos Respublika Miloševičiaus laikais atskyrė savo ekonomiką nuo federalinės kontrolės ir nuo Serbijos. Vėliau abi respublikos turėjo atskirus centrinius bankus, o Juodkalnija pradėjo naudoti skirtingas valiutas: pirmiausia priėmė Deutsch prekės ženklą ir toliau jį naudojo tol, kol jis sunyko ir buvo pakeistas euru. Serbija ir toliau naudojo Jugoslavijos dinarą, pervadindama jį į Serbijos dinarą.
JFR politinių santykių sudėtingumas, lėta privatizavimo pažanga ir Europos ekonomikos sąstingis pakenkė ekonomikai. Susitarimai su TVF, ypač finansinės drausmės reikalavimai, buvo svarbūs politikos formavimo elementai. Buvo rimtas nedarbaspagrindinis politinis ir ekonominis klausimas. Korupcija taip pat yra didelė problema dėl didelės juodosios rinkos ir didelio nusikalstamumo dalyvavimo oficialioje ekonomikoje.
