Biologijoje, norint apibūdinti konkretų organizmą, priklausantį gyvūnų, grybų ar augalų karalystėms, buvo sukurta sava nomenklatūra. Tai atspindi priklausymą vienai rūšiai, atsižvelgiant į morfologijos ir išvaizdos ypatybes. Gyvūnams taikomi nuorodos į rūšį kriterijai, atsižvelgiant į gebėjimą susilaukti vaisingų palikuonių apvaisinimo metu. Tačiau šie modeliai taikomi tik šiems organizmams, o mikrobai negali būti klasifikuojami tokiu būdu.
Padermės samprata mikrobiologijoje
Dėl daugybės organizmų, turinčių morfologinių savybių, bet skirtingų biocheminių ir imunologinių savybių, pavadinimams taikyti standartinės nomenklatūros neįmanoma. Dėl to buvo pristatyta tokia sąvoka kaip padermė. Tai gryna mikrobų kultūra, kuri buvo išskirta ir išskirta tam tikroje vietoje tam tikrą valandą.
Kiekvienas mikrobas, priklausantis vienai padermei, yra panašus į kitą tokį atstovą pagal biocheminius, morfologinius, imunologinius ir genetinius kriterijus. Tačiau tose pačiose bakterijų rūšyse tokios analogijos nepastebėta. Todėl štamas yra lankstesnis mikrobų kultūros pavadinimas. Nes greitaigenetinės medžiagos pasikeitimas (mutacija) lemia naujų organizmų atsiradimą rūšyje, tačiau pasižyminčių skirtingomis savybėmis, būtent šis apibrėžimas leidžia tiksliau apibūdinti patogeniškumo ir virulentiškumo veiksnius.
Bakterijų padermės
Esama bakterijų nomenklatūra leidžia klasifikuoti organizmų tipus, bet neapibūdina jų naujų savybių. Pastarosios atsiranda dėl greitos mutacijos, įgydamos naujų savybių, įskaitant patogeniškas žmonėms, ūkio gyvūnams ir augalams bei kitiems mikrobams. Nomenklatūros pavyzdys naudojant Escherichia coli pavyzdį atrodo taip: karalystė - bakterijos, tipas - Proteobakterijos, gama-proteobakterijų klasė, eilė - Enterobacteriales, Enterobakterijų šeima. Gentis yra Escherichia, o rūšis yra Escherichia colli. Tačiau yra daug Escherichia colli rūšies bakterijų kultūrų, pasižyminčių skirtingomis savybėmis. Jie išskiriami į atskiras bakterijų padermes ir turi papildomą pavadinimą. Pavyzdžiui, Escherichia colli O157:H7.
Pati E. coli yra žmogaus žarnyne ir nesukelia ligų, tačiau O157:H7 padermė yra išskirtinai patogeniška dėl daugybės virulentiškumo faktorių. Per pastaruosius 5 metus ji patyrė enterotoksigeninių ligų epidemiją.
Viruso padermės
Kamieno sąvoka yra lankstus pavadinimas organizmams, turintiems tas pačias savybes, kurios buvo išskirtos, o paskui identifikuotos ir aprašytos tam tikroje srityje tam tikru metu. Savo eiga virusas gali įgyti naujų savybių dėl antigeninio poveikiodreifą. Tai sukurs naują viruso padermę, galbūt patogeniškesnę už pirminę.
Gripo viruso pavyzdžiu galite aiškiai parodyti naujų padermių atsiradimą. Jis priklauso ortomiksovirusų šeimai ir yra pavadintas atsižvelgiant į antigenus (hemagliutininai ir neuraminidazė) HxNy. X ir Y yra skaitinės reikšmės, atspindinčios antigenų buvimą. Pavyzdys yra H5N1, žinomas dėl neseniai kilusios kiaulių gripo epidemijos su greitai progresuojančia hemoragine pneumonija. Remiantis teorija, dėl to paties antigeninio dreifo iš šios padermės gali išsivystyti naujas ir pavojingesnis štamas.
Grybelinės ir protistų padermės
Pelėsiai yra mažiausiai kintantys iš visų mikrobų, nors jų biochemija taip pat sudėtinga. Dėl sudėtingesnės struktūros nei bakterijos ir virusai, taip pat dėl greito genų perdavimo mechanizmų trūkumo naujų grybelių padermių skaičius šiek tiek padidėja. Taip pat yra nuomonė, kad bet kokia naujai atrasta grybelio atmaina yra jau egzistuojantis organizmas, kuris tyrėjams tiesiog nepasirodė.
Panaši situacija yra ir protistų karalystėje. Jų gebėjimas mutuoti yra mažas, todėl tikimybė, kad greitai atsiras naujų padermių, yra itin maža. Tačiau vis dar atsiranda naujų tos pačios rūšies organizmų variantų. Todėl, matyt, jie egzistavo ir anksčiau, bet nebuvo atrasti.
