Didelės Afrikos upės ir ežerai vaidina labai svarbų vaidmenį žemynui, nes yra įpratę jį laistyti ir drėkinti. Didelėse upėse buvo sukurta nemažai rezervuarų, kurių bendras tūris viršija penkiolika kubinių kilometrų. Didžiausi iš jų yra Nasser, Kariba ir Volta. Dauguma didžiųjų ežerų yra Rytų Afrikos plokščiakalnyje ir turi didelį gylį. Pavyzdžiui, Tanganyika pagal šį rodiklį visoje planetoje nusileidžia tik Baikalui. Giliausia jo vieta yra 1470 metrų atstumu nuo vandens paviršiaus. Didžiausias ežeras žemyne yra Viktorija.
Įvertinimas „Didžiausios Afrikos upės“, vadovaujamas Nilo. Bendras jo ilgis – 6671 km. Jis prasideda Kageros upės pavidalu ir, praplaukęs per kelis ežerus, išteka iš jų B altojo Nilo vardu. Toliau, netoli Chartumo miesto, į jį įteka Mėlynasis Nilas, ištekantis iš Tanos ežero, esančio Etiopijos aukštumose. Šios didelės Afrikos upės, susijungusios į vieną visumą, sudaro labai platų vagą, vadinamą Nilu. Jos aukštupyje gausu ežerų, krioklių ir slenksčių. Lygumoje atsiranda daug intakų ir šakų, todėl slėnis gana užpelkėja. Už pelkių, pasroviui, palei krantus, iš siaurų medžių juostų susidaro savotiškas žalias koridorius. Geltonų dykumų fone atrodo gana kontrastingai.
Didelė upės dalis yra apsupta bevandenės dykumos. Nepaisant to, Nilas visada yra pilnas, ypač vasarą ir rudenį. Kaip ir kitos didžiosios Afrikos upės, ji labai svarbi žemės ūkiui. Faktas yra tas, kad nukritus vandeniui lieka dumblo sluoksnis, kuris tręšia žemę. Tai leidžia jums gauti tinkamą derlių. Nenuostabu, kad Nilo slėnis prieš kelis tūkstantmečius tapo tikru žmonijos lopšiu. Jo dėka šiuolaikinio Egipto teritorijoje pirmą kartą atsirado žemės ūkis ir susiformavo viena pirmųjų galingų valstybių planetoje.
Antra vieta „Didžiųjų Afrikos upių“sąraše yra Kongas, kurio ilgis 4320 km. Jis laikomas gausiausiu visame Rytų pusrutulyje. Išilgai upės ribojasi daug intakų iš pietinių ir šiaurinių žemyno regionų. Laikotarpiu nuo kovo iki lapkričio Kongą daugiausia maitina dešinieji intakai, o nuo rugsėjo iki kovo - kairieji intakai. Paaiškinimas tai gana paprastas: faktas yra tas, kad lietaus sezonas skirtinguose žemyno pusrutuliuose patenka skirtingu laiku. Šis niuansas vaidina teigiamą vaidmenį, nes jo dėka upė teka ištisus metus.
Kongui įtekėjus į Atlanto vandenyną susidaro didžiulė žiotys, todėl vanduo iš jos patenka toli giliai į upę (iki 17 kilometrų). Jo įtakoje paviršiniai vandenyno vandenys išlieka gaivūs maždaug 75 kilometrų atstumu nuo žiočių. Kongo vandenys pirmiausia būna rudos, o vėliau gelsvos spalvos. Jis išsiskiria iš mėlyno vandenyno vandens net už trijų šimtų kilometrų nuo kranto.
Kitos pagrindinės Afrikos upės yra Nigeris (4160 km), Zambezis (2660 km) ir Oranžinė upė (1860 km).